أدت الحرب إلى واحدة من أكبر أزمات اللجوء في العالم. فرّ أكثر من 3 ملايين أفغاني إلى باكستان، حيث استقر معظمهم في مخيمات بدائية في المناطق القبلية (خاصة وزيرستان) وإقليم خيبر بختونخوا. شكل هذا النزوح واقعاً ديموغرافياً واجتماعياً جديداً لا تزال آثاره ملموسة حتى اليوم.